The Spatiotemporal Proteome Landscape of Aging: Structural determinants of age-sensitive proteome remodeling
该研究利用酵母模型构建了高分辨率单细胞时空蛋白质组图谱，揭示了衰老过程中蛋白质空间定位与浓度的广泛重塑现象，并阐明了决定这种年龄敏感性重塑的蛋白质结构生物物理机制。
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systems biology
144 篇论文
Single-Cell Spatial Proteomics Uncovers Molecular Interconnectivity among Hallmarks of Aging
该研究通过构建酵母衰老的单细胞空间蛋白质组图谱，揭示了衰老标志物在亚细胞层面的空间重排与聚集机制，阐明了不同衰老标志间的分子互连性，并提出了以核仁功能紊乱、蛋白稳态下降和线粒体功能障碍为起始的衰老级联失效模型。
The Potential Effect of Vitamin D Supplement on Selected Coagulability Predictors in Vape-Exposed Female Rats
该研究指出，电子烟暴露会激活炎症和凝血通路，而高剂量维生素 D 补充剂能有效减轻雌性大鼠因电子烟引起的炎症反应、凝血异常及肺部损伤，并可能有助于降低尼古丁依赖。
Aging under immunosuppression reshapes human immune compartments and lowers clinical alloreactivity after heart transplantation
这项针对心脏移植受者的最大规模研究揭示，受者年龄增长与急性移植物排斥反应风险降低相关，其机制涉及免疫衰老、慢性低度炎症及特定免疫细胞亚群（如记忆 T 细胞、单核细胞和 NK 细胞）的转录组重塑，从而支持对老年移植人群实施更个性化的免疫抑制策略。
CellSwarm: LLM-Driven Cell Agents Recapitulate Tumor Microenvironment Dynamics and Sense Indirect Genetic Perturbations
本文提出了 CELLSWARM 框架，利用大语言模型驱动具备记忆和信号通路的自主细胞代理，不仅以高保真度复现了肿瘤微环境动态，更突破了传统规则模型的局限，实现了跨癌种泛化、治疗响应预测以及对间接遗传扰动的感知能力。
NF-κB transcriptionally enhances p53 accumulation dynamics hampering DNA repair
该研究揭示炎症因子通过 NF-κB 转录上调 TP53 表达，导致 p53 核积累动力学由振荡转变为持续状态，从而在增强 p53 响应的同时反常地抑制了 DNA 修复能力。
What microbes want: exploring microbial substrate preferences with the Web of Microbes Agent
该研究提出了一种结合贝叶斯个性化排序模型、Phydon 生长模型及大语言模型的“微生物网络代理”（WoM Agent），能够准确预测细菌底物偏好、自主推理并设计实验，从而在微生物培养、工程化及环境微生物学领域展现出广泛应用前景。
A Fine-Tuned Phosphatidylinositol Profile Contributes to Colonocyte Differentiation and Malignization: Evidence From Integrated Omics
该研究通过整合健康与肿瘤结肠细胞的转录组与脂质组数据，揭示了磷脂酰肌醇谱系的精细调控在驱动结肠细胞分化及维持干细胞特性中的关键作用，并阐明了肿瘤中该脂质重塑程序丧失与磷脂酰肌醇代谢异常升高的机制。
Flow constraints at infection site shape multiplication-dissemination trade-offs and opposite regulatory programs of Xanthomonas and Ralstonia xylem pathogens
该研究通过系统生物学分析与空间模拟揭示，尽管黄单胞菌和青枯菌均侵染植物木质部，但受木质部汁液流向等环境约束的影响，两者演化出了截然相反的调控策略，以在增殖与扩散之间权衡并优化致病性。
Acute Smurf mortality and inter-phase dependence in Drosophila and mice identified through comprehensive modelling and statistical analysis of two-phase ageing
该研究通过建立严谨的统计框架分析果蝇和小鼠的纵向生存数据，证实了衰老过程存在非连续的“两阶段”特征，揭示了果蝇从非 Smurf 状态向高肠道通透性的 Smurf 状态转变后死亡率急剧升高且随后呈指数下降的规律，并发现两阶段时长之间存在显著的负相关性，从而为衰老的两阶段范式奠定了定量基础。
Multi-Omics Mapping of Human Kidney Reveals Complement-Mediated Cellular Dynamics During Progression of Focal Segmental Glomerulosclerosis
该研究通过多组学分析揭示了补体系统（特别是替代途径）在局灶节段性肾小球硬化症（FSGS）进展中的核心作用，阐明了足细胞与壁层上皮细胞间的异常互作如何驱动肾小球纤维化及间质免疫浸润，为制定分期干预策略提供了新见解。
A versatile method to pattern surfaces within microfluidic devices
该研究提出了一种利用商用试剂和光刻技术对密封微流控芯片表面进行图案化修饰的通用方法，实现了在玻璃和 PDMS 基底上高密度共价或非共价固定 DNA、蛋白质及金纳米颗粒，并展示了其在局部检测、酶催化及基因表达等应用中的潜力。
Single-phage profiling illuminates viral individuality during cell fate determination
该研究利用平行顺序荧光原位杂交（par-seqFISH）技术在单噬菌体水平解析了λ噬菌体感染大肠杆菌时的转录活动，揭示了细胞命运（裂解或溶原）的决定不仅依赖于整体细胞层面的转录动力学，更取决于共感染噬菌体个体间的活性差异与共识形成。
Microgravity affects the nervous system and aging in C. elegans through reduced tactile stimulation
该研究发现微重力通过抑制线虫的触觉刺激导致神经肌肉功能受损和加速衰老，而通过在太空培养环境中添加小颗粒恢复物理刺激，可有效缓解这些负面效应并维持神经肌肉完整性。
Modeling and Tracking of Heterogeneous Cell Populations via Open Multi-Agent Systems
本文提出了一种基于开放多智能体系统和扩展卡尔曼滤波的增强型细胞追踪算法，通过建模与参数识别有效解决了肿瘤细胞与间充质基质细胞共培养体系中异质细胞群体的动态变化、相互作用及谱系追踪难题，并在性能上优于现有方法。
Longitudinal dynamics of organ-specific proteomic aging clocks over a decade of midlife
该研究通过对 1250 名中年人的十年随访分析，揭示了器官特异性蛋白质衰老时钟具有可解释的动态特性，证实了免疫和脂肪系统作为衰老核心枢纽的作用，并发现女性更年期过渡主导了多器官衰老加速，而药物干预则通过特定靶点蛋白而非泛化衰老机制影响时钟。
Spatial Rewiring of Enterocyte Identity in Celiac Disease
该研究利用空间和单细胞转录组学技术揭示，乳糜泻患者小肠绒毛变短导致 BMP 和 WNT 信号产生细胞间距缩短及形态发生素场重叠，进而引发肠上皮细胞出现多区域程序共表达的新身份以及胃窦样细胞化生，从而阐明了该疾病中上皮重塑的细胞机制。
Evolution on degenerate fitness landscapes is not neutral: curvature drives directional bias
该研究通过最小模型证明，在简并适应度景观上，种群变异与景观曲率的相互作用会驱动进化向曲率更低的平坦区域产生定向漂移，从而揭示了一种无需显式优化即可偏好稳健性区域的非中性进化机制。
Mapping regulatory networks underlying Leishmania stage differentiation reveals an essential role for protein degradation in parasite development
该研究通过五层整合系统分析揭示了利什曼原虫阶段分化主要由转录后机制（特别是 mRNA 周转、翻译调控及泛素 - 蛋白酶体介导的蛋白质降解）驱动，而非基因组适应，并证实蛋白酶体活性对寄生虫发育转换至关重要。
Spatially Resolved Reaction-Diffusion Modeling Reveals Effects of Intracellular Spatial Heterogeneity on Yeast Galactose Network Dynamics
该研究通过构建整合实验数据的空间分辨反应 - 扩散模型，揭示了酵母细胞内染色体构型、内质网及核糖体分布等三维空间异质性会显著改变半乳糖代谢网络的动力学预测，从而论证了在真核细胞基因调控模型中纳入真实空间架构的重要性。